小沐同学(AI)|单细胞测序100问(88)-分析篇

多客科技

作者：上海百沐生物科技有限公司
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Q:什么是测序饱和度？



A:

序饱和度（Sequencing Saturation）是反映当前测序量与文库复杂度相关性的指标。当测序饱和度达到一定水平时，意味着已经捕获到了细胞内大部分的RNA信息，细胞表达的转录本和基因已经被有效地检测到。这表明测序数据的质量足够好，可以支持后续的细胞类型鉴定、表达谱分析等生物信息学分析。测序饱和度的倒数可以解释为检测一个新转录所需的额外reads。其计算公式为：


n_dedupedReads=准确比对的reads中唯一（有效barcode+有效UMI+基因）组合的数量。
n_Reads=准确比对的reads中所有（有效barcode+有效UMI+基因）组合的数量。



公司简介

百沐生物是一家以AI为核心驱动力的生物科技公司，专注于将人工智能（AI）技术与生物科技深度融合，为生命科学研究和精准医疗领域带来创新解决方案。核心团队由中科院、复旦大学、协和医院等知名科研院所的卓越科学家以及来自阿里、美团、小米、生物医药集团等头部互联网科技公司和大型药企集团的综合背景精英组成。公司产品涉及单细胞测序、基因组、转录组、表观组、代谢组、微生物组、空间组学等多组学实验及基于AI的生物信息分析挖掘，以及基因编辑、DNA合成等服务。